Die WWF-Stiftung und die Umweltverbände führen fünf Hauptpunkte für ihre Klage gegen die Elbvertiefung an: Erster Klagegrund: Der Eingriff in die Tideelbe sei „ein Verstoß gegen das Gewässerschutzrecht“. Die Wasserstände und Tidenhub änderten sich deutlich stärker als prognostiziert. Damit drohten mehr Sauerstofflöcher („Fischsterben“), des Weiteren werde die Versalzung durch eine Verschiebung der Brackwasserzone elbaufwärts fortschreiten. Die Kläger befürchten zudem eine Zunahme der Unterhaltungsbaggerung an der Unterelbe – Dauerstress für die Flussökologie.
Zweiter Klagegrund: Die Vertiefung und Verbreiterung ist aus Sicht der Umweltschützer ein Verstoß gegen deutsches und EU-Naturschutzrecht. Das Baggern gefährde die Tide-Auwälder. Auch die Vogelschutzgebiete würden häufiger überflutet.
Dritter Klagegrund: Es habe nie ernstzunehmende Prüfungen von Alternativen gegeben – wie eine norddeutsche Hafenkooperation oder eine Elbvertiefung-light. Dies schreibe die Flora-Fauna-Habitat-Richtlinie der EU zwingend vor.
Vierter Klagegrund: Die vorgeschlagenen Kompensationsmaßnahmen reichten nicht aus, um den „erheblichen Eingriff in die Tideelbe auszugleichen“. Fünfter Klagegrund: Möglichkeiten der Eingriffsminimierung wurden nicht genutzt – etwa Rückdeichungen oder Wiederanbindung alter Flussarme.
